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Le projet COTRAE analyse le rôle des collectifs agricoles dans l'expérimentation et la production de connaissances nouvelles pour la transition agroécologique. Il s'agit de mieux comprendre le rôle et le fonctionnement de ces collectifs en transition vers l’agroécologie, de rechercher les nouvelles complémentarités à organiser entre différentes formes d'expérimentation et enfin de mieux identifier les modalités de leur accompagnement.

Le projet POEETE revisite les systèmes de polyculture-élevage à l'échelle des exploitations et des territoires. L'objectif est de contribuer à un renforcement de l’autonomie protéique et énergétique de l’agriculture régionale. Pour cela, le projet explore les différentes voies d'optimisation des performances économiques, environnementales et sociales de ces systèmes de production en agissant notamment sur un meilleur couplage des ateliers Cultures et Elevage.

Le projet TIP TOP met en œuvre une modélisation participative pour simuler et mieux contrôler les effets des structures paysagères sur les flux d'eau et de contaminants dans un bassin-versant. En s'appuyant sur trois terrains, il modélise le transfert de ces flux (eau, azote, phosphore, carbone, bactéries, particules de sol) dans les bassins versants agricoles, pour mieux les prévoir et les contrôler par des pratiques agroécologiques visant l’optimisation du potentiel tampon du paysage.